MetaCyc - MetaCyc
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| Contenido | |
| Descripción | Base de datos de enzimas y vías metabólicas |
| Contacto | |
| Centro de Investigación | SRI Internacional |
| Autores | R. Caspi, H. Foerster, CA Fulcher, LA Mueller, Peter Karp |
| Cita primaria | Caspi y col. (2014) |
| Fecha de lanzamiento | 1997 |
| Acceso | |
| Sitio web | metacyc |
La base de datos MetaCyc es una de las bases de datos de enzimas y rutas metabólicas más grandes disponibles en la actualidad. Los datos de la base de datos se seleccionan manualmente de la literatura científica y cubren todos los dominios de la vida. MetaCyc tiene amplia información sobre compuestos químicos, reacciones, vías metabólicas y enzimas. Los datos han sido seleccionados de más de 58.000 publicaciones.
MetaCyc ha sido diseñado para múltiples tipos de usos. A menudo se utiliza como una extensa enciclopedia en línea del metabolismo. Además, MetaCyc se utiliza como un conjunto de datos de referencia para predecir computacionalmente la red metabólica de organismos a partir de sus genomas secuenciados; se ha utilizado para realizar predicciones de rutas para miles de organismos, incluidos los de la colección de bases de datos BioCyc . MetaCyc también se utiliza en ingeniería metabólica e investigación en metabolómica .
MetaCyc incluye mini revisiones de vías y enzimas que brindan información de antecedentes, así como referencias bibliográficas relevantes. También proporciona datos extensos sobre enzimas individuales, que describen su estructura de subunidades, cofactores, activadores e inhibidores, especificidad de sustrato y, cuando están disponibles, constantes cinéticas. Los datos de MetaCyc sobre metabolitos incluyen estructuras químicas, energía estándar de formación prevista y enlaces a bases de datos externas. Las reacciones en MetaCyc se presentan en una pantalla visual que incluye las estructuras de todos los componentes. Las reacciones están equilibradas e incluyen números de EC , dirección de reacción, asignaciones de átomos pronosticados que describen la correspondencia entre los átomos en los compuestos reactivos y los compuestos del producto, y energía libre de Gibbs calculada .
Se puede hacer clic en todos los objetos de MetaCyc y proporcionan un fácil acceso a los objetos relacionados. Por ejemplo, la página de L-lisina enumera todas las reacciones en las que participa la L-lisina, así como las enzimas que las catalizan y las vías en las que tienen lugar estas reacciones.