Número de comisión de enzimas - Enzyme Commission number
El número de la Comisión de Enzimas ( número CE ) es un esquema de clasificación numérico para las enzimas , basado en las reacciones químicas que catalizan . Como sistema de nomenclatura enzimática , cada número EC está asociado con un nombre recomendado para la correspondiente reacción catalizada por enzima.
Los números de CE no especifican enzimas sino reacciones catalizadas por enzimas. Si diferentes enzimas (por ejemplo, de diferentes organismos) catalizan la misma reacción, reciben el mismo número de CE. Además, a través de la evolución convergente , pliegues de proteínas completamente diferentes pueden catalizar una reacción idéntica (a veces se denominan enzimas isofuncionales no homólogas ) y, por lo tanto, se les asignaría el mismo número de CE. Por el contrario, los identificadores UniProt especifican de forma única una proteína por su secuencia de aminoácidos.
Formato de número
Cada código de enzima consta de las letras "EC" seguidas de cuatro números separados por puntos. Esos números representan una clasificación progresivamente más fina de la enzima. Los números EC preliminares existen y tienen una 'n' como parte del cuarto dígito (de serie) (por ejemplo, EC 3.5.1.n3).
Por ejemplo, las aminopeptidasas tripéptidas tienen el código "EC 3.4.11.4", cuyos componentes indican los siguientes grupos de enzimas:
- Las enzimas EC 3 son hidrolasas (enzimas que usan agua para romper alguna otra molécula)
- EC 3.4 son hidrolasas que actúan sobre enlaces peptídicos
- EC 3.4.11 son aquellos hidrolasas que escindir el amino-terminal de aminoácidos de un polipéptido
- EC 3.4.11.4 son aquellos que cortan el extremo amino-terminal de un tripéptido
Códigos de nivel superior
Clase | Reacción catalizada | Reacción típica | Ejemplo (s) de enzima con nombre trivial |
---|---|---|---|
EC 1 Oxidorreductasas |
Reacciones de oxidación / reducción; transferencia de átomos o electrones de H y O de una sustancia a otra |
AH + B → A + BH ( reducido ) A + O → AO ( oxidado ) |
Deshidrogenasa , oxidasa |
EC 2 Transferasas |
Transferencia de un grupo funcional de una sustancia a otra. El grupo puede ser un grupo metilo, acilo, amino o fosfato | AB + C → A + BC | Transaminasa , quinasa |
EC 3 hidrolasas |
Formación de dos productos a partir de un sustrato por hidrólisis. | AB + H 2 O → AOH + BH | Lipasa , amilasa , peptidasa , fosfatasa |
EC 4 Lyases |
Adición o eliminación no hidrolítica de grupos de sustratos. Los enlaces CC, CN, CO o CS se pueden escindir | RCOCOOH → RCOH + CO 2 o [X-A + BY] → [A = B + XY] | Descarboxilasa |
EC 5 isomerasas |
Reordenamiento intramolécula, es decir, cambios de isomerización dentro de una sola molécula | ABC → BCA | Isomerasa , mutasa |
Ligasas EC 6 |
Unir dos moléculas mediante la síntesis de nuevos enlaces CO, CS, CN o CC con descomposición simultánea de ATP | X + Y + ATP → XY + ADP + P i | Sintetasa |
EC 7 Translocases |
Catalizar el movimiento de iones o moléculas a través de las membranas o su separación dentro de las membranas. | Transportador |
Similitud de reacción
La similitud entre las reacciones enzimáticas se puede calcular utilizando cambios de enlace, centros de reacción o métricas de subestructura (antes EC-BLAST], ahora EMBL-EBI Enzyme Portal).
Historia
Antes del desarrollo del sistema de números EC, las enzimas se nombraban de manera arbitraria, y nombres como la vieja enzima amarilla y la enzima málica que dan poca o ninguna pista sobre qué reacción se catalizó eran de uso común. La mayoría de estos nombres han caído en desuso, aunque todavía se utilizan unas pocas, especialmente las enzimas proteolíticas con muy baja especificidad, como la pepsina y la papaína , ya que la clasificación racional basada en la especificidad ha sido muy difícil.
En la década de 1950, el caos se estaba volviendo intolerable, y después de que Hoffman-Ostenhof y Dixon y Webb propusieran esquemas algo similares para clasificar las reacciones catalizadas por enzimas, el Congreso Internacional de Bioquímica en Bruselas estableció la Comisión de Enzimas bajo la presidencia de Malcolm Dixon en 1955. La primera versión se publicó en 1961, y la Comisión de Enzimas se disolvió en ese momento, aunque su nombre sigue vivo en el término Número CE . La sexta edición actual, publicada por la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular en 1992 como la última versión publicada como libro impreso, contiene 3196 enzimas diferentes. Los suplementos 1-4 se publicaron en 1993-1999. Los suplementos posteriores se han publicado electrónicamente en el sitio web del Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular. En agosto de 2018, la IUBMB modificó el sistema agregando la categoría EC 7 de nivel superior que contiene translocases.
Ver también
- Lista de números CE
- Lista de enzimas
- Número TC (clasificación de proteínas de transporte de membrana)
Referencias
enlaces externos
- Enzyme Nomenclature , sitio web autorizado por el Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular, mantenido por GP Moss
- Base de datos de nomenclatura de enzimas - por ExPASy
- Lista de todos los números EC - por BRENDA
- Examinar estructuras PDB por número CE
- Explorar dominios SCOP por número EC - por dcGO
- Compare los números de EC usando EC-Blast