El waterpolo en los Juegos Olímpicos de Verano de 1988, como de costumbre, era parte del deporte de la natación , los otros dos eran la natación y el buceo . No fueron vistos como tres deportes separados, porque todos estaban gobernados por una sola federación: la FINA . La disciplina de waterpolo consistió en un evento: la competición masculina por equipos.
En la ronda preliminar, doce equipos se dividieron en dos grupos. Los dos mejores equipos de cada grupo (los sombreados) avanzaron a las semifinales. Los dos números tres y cuatro jugaron partidos de clasificación para determinar los lugares del 5 al 8, y el resultado anterior se llevó consigo. El resto de equipos también disputaron partidos de clasificación para determinar los lugares del 9 al 12.