Fundado en 1971, en 1979-1980 el club participó en Tercera División , terminando en descenso. También entró en la Copa del Rey del año , despachando a la UD Porreras 3-2 en el global en la primera ronda antes de caer 2-0 ante el Atlético Baleares en la segunda ronda.
Formentera volvió a la cuarta división en 2012, tras ganar el Preferente autonómico . En 2015-16, llegaron a la segunda ronda de la copa con una victoria por 2-1 en Segunda División B equipo CD Alcoyano , y un año más tarde llegaron a los 32 mejores de la competición antes de una pérdida agregada 14-2 a la Liga equipo y el campeón de la UEFA Europa League , el Sevilla FC .
En esa temporada 2016-17 , Formentera ascendió por primera vez a la tercera división tras derrotar al Alavés B en los play-offs de ascenso . La temporada siguiente, volvió a alcanzar los dieciseisavos de final de la Copa del Rey , donde eliminó al máximo nivel al Athletic de Bilbao tras vencer en San Mamés con un gol en el sexto minuto del tiempo de descuento; en octavos de final fue eliminado por otro equipo vasco de primera categoría, el Deportivo Alavés , y la temporada liguera terminó con un descenso instantáneo.
Nota: Las banderas indican la selección nacional según se define en las reglas de elegibilidad de la FIFA . Los jugadores pueden tener más de una nacionalidad ajena a la FIFA.
