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PubChem
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Contenido
Descripción Productos químicos y sus bioensayos
Tipos de datos
capturados		 dhsh
Organismos Humanos y otros animales
Contacto
Centro de Investigación NCBI
Cita primaria PMID  15879180
Acceso
Sitio web https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
URL de descarga FTP
URL del servicio web Vista PUG
Diverso
Licencia Dominio publico

PubChem es una base de datos de moléculas químicas y sus actividades frente a ensayos biológicos . El sistema es mantenido por el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), un componente de la Biblioteca Nacional de Medicina , que forma parte de los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos (NIH). Se puede acceder a PubChem de forma gratuita a través de una interfaz de usuario web . Millones de estructuras compuestas y conjuntos de datos descriptivos se pueden descargar libremente a través de FTP . PubChem contiene múltiples descripciones de sustancias y moléculas pequeñas con menos de 100 átomos y 1000 enlaces. Más de 80 proveedores de bases de datos contribuyen a la creciente base de datos PubChem.

Bases de datos

PubChem consta de tres bases de datos primarias de crecimiento dinámico. Al 5 de noviembre de 2020 (el número de bioensayos no ha cambiado):

  • Los compuestos, 111 millones de entradas (frente a 94 millones de entradas en 2017), contienen compuestos químicos puros y caracterizados.
  • Sustancias, 293 millones de entradas (frente a 236 en 2017 y 163 millones de entradas en septiembre de 2014), contienen también mezclas, extractos , complejos y sustancias no caracterizadas.
  • BioAssay, la bioactividad es el resultado de 1,25 millones (frente a 6000 en septiembre de 2014) de programas de detección de alto rendimiento con varios millones de valores.

buscando

La búsqueda en las bases de datos es posible para una amplia gama de propiedades, incluida la estructura química, los fragmentos de nombres, la fórmula química , el peso molecular , el XLogP y el recuento de donantes y aceptores de enlaces de hidrógeno .

PubChem contiene su propio editor de moléculas en línea con soporte SMILES / SMARTS e InChI que permite la importación y exportación de todos los formatos de archivos químicos comunes para buscar estructuras y fragmentos.

Cada visita proporciona información sobre sinónimos, propiedades químicas, estructura química, incluidas las cadenas SMILES e InChI, bioactividad y enlaces a compuestos estructuralmente relacionados y otras bases de datos del NCBI como PubMed .

En el formulario de búsqueda de texto, los campos de la base de datos se pueden buscar agregando el nombre del campo entre corchetes al término de búsqueda. Un rango numérico está representado por dos números separados por dos puntos. Los términos de búsqueda y los nombres de los campos no distinguen entre mayúsculas y minúsculas. Se pueden utilizar paréntesis y los operadores lógicos AND, OR y NOT. Y se asume si no se utiliza ningún operador.

Ejemplo ( regla de cinco de Lipinski ): 

0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]

Historia

PubChem fue lanzado en 2004.

Campos de base de datos


Números de identificación
• Número de identificación en la base de datos actual [UID]
• Número de identificación de la sustancia [SID]
• Número de identificación compuesto [CID]
• Número de identificación de BioAssay [BAID], [AID]

General
• Cualquier campo de la base de datos [TODAS]
• Comentario [CMT]
• Fecha de deposito [DDAT], [DEPDAT]
• Identificación externa del depositante [SRID], [SRCID]
• Nombre de la fuente [SRC], [SRCNAM], [SRCNAME]
• Fecha de lanzamiento de la fuente [SRD], [SRDAT], [RLSDAT]
• Término del encabezado de tema médico (MeSH) [MSHT], [MESHT]
• Nodo de árbol MeSH [MSHN], [MESHTN]
• Acciones farmacológicas MeSH [PHMA], [PHARMA]

Propiedades de la sustancia
• Sinónimos de sustancia [SYNO]
• Nombre IUPAC [UPAC], [IUPAC]
• Identificador químico internacional (InChI) [INCHI]
• Peso molecular [MW], [MWT], [MOLWT]
• Elementos químicos [ELMT], [EL]
• Átomos que no son de hidrógeno [HAC], [HACNT]
• Recuento de isótopos [IAC], [IACNT]
• Cargo formal total [TFC], [CHG], [CHRG]
• Recuento de átomos quirales [ACC], [ACCNT]
• Recuento de átomos quirales definido [ACDC], [ACDCNT]
• Recuento de átomos quirales indefinido [ACUC], [ACUCNT]
• Recuento de aceptadores de enlaces de hidrógeno [HBAC], [HBACNT]
• Recuento de donantes de enlaces de hidrógeno [HBDC], [HBDCNT]
• Recuento de tautómeros [TC], [TCNT], [TTMC]
• Recuento de bonos rotativos [RBC], [RBCNT]
• XLogP [XLGP], [LOGP]

Propiedades compuestas
• Sinónimos de compuestos [CSYN], [CSYNO]
• Recuento de componentes [CC], [CCNT]
• Recuento de unidades covalentes (moléculas) [CUC], [CUCNT]
• Recuento total de bioactividad [TAC]

Ver también

  • Base de datos de productos químicos
    • CAS Common Chemistry - dirigido por la American Chemical Society
    • Base de datos comparativa de toxicogenómica - administrada por la Universidad Estatal de Carolina del Norte
    • ChEMBL : dirigido por el Instituto Europeo de Bioinformática
    • ChemSpider : dirigido por la Real Sociedad de Química del Reino Unido
    • DrugBank : administrado por la Universidad de Alberta
    • IUPAC : administrado por la Unión Internacional de Química Pura y Aplicada (IUPAC) con sede en Suiza
    • Moltable : dirigido por el Laboratorio Químico Nacional de la India
    • PubChem: administrado por el Instituto Nacional de Salud de EE. UU.
    • BindingDB : administrado por la Universidad de California, San Diego
    • SCRIPDB : administrado por la Universidad de Toronto, Canadá
    • Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI): administrado por el Instituto Nacional de Salud, EE. UU.
    • Entrez - dirigido por el Instituto Nacional de Salud, EE. UU.
    • GenBank : administrado por el Instituto Nacional de Salud de EE. UU.

Referencias

enlaces externos