Tras la muerte de su hermano mayor Ptolomeo XIII de Egipto el 13 de enero de 47 a. C., y de acuerdo con su voluntad, fue proclamado faraón y co-gobernante por su hermana mayor y el faraón restante , Cleopatra VII de Egipto . Tenía unos 12 años cuando accedió al trono. Él y su hermana mayor, Cleopatra, estaban casados, pero Cleopatra continuó actuando como amante del dictador romano Julio César . Se considera que Ptolomeo reinó solo de nombre, como una concesión a la tradición egipcia, con Cleopatra manteniendo la autoridad real.
El 15 de marzo de 44 a. C. César fue asesinado en Roma por un grupo de conspiradores cuyos miembros más notables eran Marco Junio Bruto y Cayo Casio Longino . Ptolomeo pronto lo siguió en la muerte. Una inscripción que lo mencionaba como vivo estaba fechada en el 26 de julio de 44 a. C. Se ha asumido, pero sigue siendo incierto, que Cleopatra envenenó a su co-gobernante, con acónito , para reemplazarlo con su sobrino Ptolomeo XV César , su hijo de César, quien fue proclamado co-gobernante el 2 de septiembre de 44 a.C. y a quien su madre tenía la intención de apoyar. como sucesor de su padre.