PDBsum - PDBsum
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| Contenido | |
| Descripción | Descripción general de las estructuras contenidas en el banco de datos de proteínas. |
| Tipos de datos capturados |
Estructuras proteicas |
| Organismos | todas |
| Contacto | |
| Centro de Investigación | Instituto Europeo de Bioinformática (EBI) |
| Autores | Roman Laskowski y col. (1997) |
| Cita primaria | PMID 9433130 |
| Acceso | |
| Sitio web | www |
| Diverso | |
Entidades que se pueden marcar |
si |
PDBsum es una base de datos que proporciona una descripción general del contenido de cada estructura macromolecular 3D depositada en el Protein Data Bank . La versión original de la base de datos fue desarrollada alrededor de 1995 por Roman Laskowski y colaboradores del University College London . A partir de 2014, PDBsum es mantenido por Laskowski y colaboradores en el laboratorio de Janet Thornton en el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI).
Cada estructura en la base de datos PDBsum incluye una imagen de la estructura (vista principal, vista inferior y vista derecha), componentes moleculares contenidos en el complejo (estructura), diagrama de reacción enzimática si corresponde, asignaciones funcionales de ontología genética , una secuencia 1D anotada por Pfam y Asignaciones de dominio InterPro , descripción de moléculas unidas y gráfico que muestra interacciones entre proteína y estructura secundaria, diagramas esquemáticos de interacciones proteína-proteína , análisis de hendiduras contenidas dentro de la estructura y enlaces a bases de datos externas. El software de gráficos moleculares RasMol y Jmol se utiliza para proporcionar una vista 3D de las moléculas y sus interacciones dentro de PDBsum.
Desde el lanzamiento del Proyecto 1000 Genomas en octubre de 2012, todas las variantes de un solo aminoácido identificadas por el proyecto se han mapeado en las secuencias de proteínas correspondientes en el Protein Data Bank. Estas variantes también se muestran dentro de PDBsum, con referencias cruzadas al identificador UniProt relevante . PDBsum contiene una serie de estructuras de proteínas que pueden ser de interés en el diseño de fármacos basados en estructuras . Una rama de PDBsum, conocida como DrugPort, se centra en estos modelos y está vinculada con la base de datos de objetivos de fármacos de DrugBank .
Ver también
Referencias
enlaces externos
- Laskowski RA, Thornton JM. "Página de inicio de PDBsum" . Instituto Europeo de Bioinformática.