Ella también tuvo una exitosa carrera juvenil. Ganó los individuales femeninos en el Abierto de Estados Unidos de 1991 y fue No. 1 junior durante algún tiempo.
Nacida en Bojnice , Checoslovaquia, Habšudová se entrenó originalmente como gimnasta, pero a la edad de diez años, se cambió al tenis bajo el apoyo de su madre, ella misma una ex jugadora de tenis amateur. A la edad de catorce años, ya se había convertido en la mejor jugadora juvenil de Checoslovaquia. En 1990, fue coronada Campeona Mundial Juvenil de la ITF y al año siguiente ganó el título individual femenino en el US Open.
Como profesional, llegó a la cuarta ronda del Abierto de Australia de 1991 cuando aún era una colegiala, pero su promesa inicial se vio truncada por problemas de salud y lesiones, incluido un brote de neumonía en 1993 y una lesión en el tobillo el año siguiente. Después de sufrir otra lesión justo cuando había llegado al top 30 en la primavera de 1995, se recuperó para disfrutar de su año más exitoso en 1996, donde obtuvo resultados como llegar a la final del Abierto de Alemania y los cuartos de final del Abierto de Alemania. Abierto de Francia . En el último evento, venció a Martina Hingis y Anke Huber y sirvió para un lugar en las semifinales contra Arantxa Sánchez Vicario , pero finalmente perdió 8-10 en el tercer set.
Habšudová finalmente rompió el top 10 a principios de 1997, después de llegar a la final del Generali Ladies Linz , convirtiéndose en la primera mujer que representa a Eslovaquia en hacerlo. Aunque continuó jugando en la gira hasta 2003, nunca volvió a igualar el mismo éxito de su gran temporada, con momentos destacados posteriores como ganar la Copa Hopman en 1998 y su único título de individuales de la WTA en el Abierto de Austria en 1999. En 2001, ella llegó a las semifinales del torneo de dobles mixtos de Wimbledon junto a David Rikl .
Después de su jubilación, trabajó durante varios años como editora de deportes. Se casó con su esposo Milan Cílek en 2003 y tienen tres hijos juntos.