El tramo norte, también llamado el arroyo Spuyten Duyvil ("diablo que vomita") , ha sido alterado significativamente con fines de navegación. Originalmente se curvaba alrededor del norte de Marble Hill , pero en 1895 se excavó el canal de barcos del río Harlem entre Manhattan y Marble Hill, y en 1914 se completó el curso original.
El río Harlem era el curso de remo tradicional de Nueva York, análogo al río Charles en Boston y al río Schuylkill en Filadelfia . En las orillas del Harlem se encuentra el cobertizo para botes para la tripulación de la Universidad de Columbia , y el río es el curso de origen para la tripulación de la universidad. Desde 1952, una gran pared de roca plana, llamada "(Big) C Rock" ha sido pintada con la "C" del equipo universitario de Columbia. También en el río se encuentran Peter Jay Sharp Boathouse y Harlem River Community Rowing, dos instalaciones comunitarias de remo. El río es utilizado por tripulaciones de la Universidad de Nueva York , la Universidad de Fordham y el Manhattan College , aunque la única universidad con instalaciones permanentes en el río es Columbia.
Históricamente, la orilla oeste del río Harlem también fue un destino de entretenimiento. El área entre las calles 190 y 192 estuvo ocupada por el parque de atracciones Fort George , un parque de atracciones / tranvía , de 1895 a 1914. Su sitio es ahora un área de descanso en Highbridge Park . En la década de 1890, la ciudad de Nueva York construyó un hipódromo para caballos, el Harlem River Speedway , a lo largo de la ribera del parque; el proyecto comenzó a construirse en 1894 y se inauguró en julio de 1898. El Speedway más tarde se convirtió en Harlem River Drive, y los automovilistas habituales pudieron circular por primera vez en 1919.
El río Harlem está atravesado por siete puentes giratorios, tres puentes levadizos y cuatro puentes en arco, y es navegable a cualquier bote con menos de 55 pies (16.8 m) de calado de aire . Sin embargo, cualquier barco que requiera más de 5 pies (1,5 m) de espacio libre requerirá que el puente Spuyten Duyvil se abra. Todos los demás puentes móviles en el río Harlem proporcionan al menos 24 pies (7,3 m) de espacio libre mientras están cerrados, por lo que los barcos y barcos que requieren entre 5 y 24 pies (1,5 y 7,3 m) de espacio libre solo necesitan tener un puente abierto. Estos puentes reemplazaron los puentes fijos o los puentes más bajos a fines del siglo XIX para mejorar la navegación. High Bridge se erigió entre 1837 y 1848 para llevar el acueducto de Croton a través del río. Es el puente más antiguo de la ciudad de Nueva York.
El Departamento de Transporte de la Ciudad de Nueva York advierte que, si bien hacen todo lo posible para garantizar que todos los puentes estén funcionando, muchos de ellos están en reparación en cualquier momento y los contratistas externos son responsables de la apertura de los puentes en reparación.