Base de datos comparativa de toxicogenómica - Comparative Toxicogenomics Database
| Desarrollador (es) | Departamento de Ciencias Biológicas de la Universidad Estatal de Carolina del Norte y el Departamento de Bioinformática, Laboratorio Biológico MDI |
|---|---|
| Versión inicial | 12 de noviembre de 2004 |
| Disponible en | inglés |
| Escribe | Bioinformática , análisis de datos |
| Sitio web | ctdbase |
La Comparative Toxicogenomics Database ( CTD ) es un sitio web público y una herramienta de investigación lanzada en noviembre de 2004 que recopila datos científicos que describen las relaciones entre sustancias químicas / fármacos, genes / proteínas, enfermedades, taxones, fenotipos, anotaciones GO, vías y módulos de interacción. La base de datos es mantenida por el Departamento de Ciencias Biológicas de la Universidad Estatal de Carolina del Norte .
Fondo
La Comparative Toxicogenomics Database (CTD) es un sitio web público y una herramienta de investigación que recopila datos científicos que describen las relaciones entre sustancias químicas, genes / proteínas, enfermedades, taxones, fenotipos, anotaciones GO, rutas y módulos de interacción, lanzado el 12 de noviembre de 2004. El La base de datos es mantenida por el Departamento de Ciencias Biológicas de la Universidad Estatal de Carolina del Norte.
Metas y objetivos
Uno de los objetivos principales de CTD es avanzar en la comprensión de los efectos de las sustancias químicas ambientales en la salud humana a nivel genético, un campo llamado toxicogenómica .
La etiología de muchas enfermedades crónicas implica interacciones entre factores ambientales y genes que modulan procesos fisiológicos importantes. Los productos químicos son un componente importante del medio ambiente. Se sabe que afecciones como el asma , el cáncer, la diabetes , la hipertensión , la inmunodeficiencia y la enfermedad de Parkinson están influenciadas por el medio ambiente; sin embargo, los mecanismos moleculares subyacentes a estas correlaciones no se comprenden bien. CTD puede ayudar a resolver estos mecanismos. La lista extensa más actualizada de artículos científicos revisados por pares sobre CTD está disponible en su página de publicaciones.
Datos básicos
CTD es un recurso único donde los biocuradores leen la literatura científica y seleccionan manualmente cuatro tipos de datos básicos:
- Interacciones químico-genético
- Asociaciones de enfermedades químicas
- Asociaciones gen-enfermedad
- Asociaciones químico-fenotipo
Integración de datos
Al integrar los cuatro conjuntos de datos anteriores, CTD construye automáticamente redes putativas de enfermedades, fenotipos, genes y químicos para iluminar los mecanismos moleculares subyacentes a las enfermedades influenciadas por el medio ambiente.
Estas relaciones inferidas se califican y clasifican estadísticamente y pueden ser utilizadas por científicos y biólogos computacionales para generar y verificar hipótesis comprobables sobre los mecanismos toxicogenómicos y cómo se relacionan con la salud humana.
Los usuarios pueden buscar CTD para explorar datos científicos en busca de sustancias químicas, genes, enfermedades o interacciones entre cualquiera de estos tres conceptos. Actualmente, CTD integra datos toxicogenómicos para vertebrados e invertebrados.
CTD integra datos o hipervínculos a estas bases de datos:
- ChemIDplus, un diccionario de más de 400.000 sustancias químicas que se encuentran en la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU.
- DrugBank
- Proyecto de infraestructura de datos para la seguridad química (diXa) Data Warehouse del Instituto Europeo de Bioinformática, que a noviembre de 2015 contenía 469 compuestos, 188 conjuntos de datos de enfermedades en tres subcategorías de enfermedades hepáticas, renales y cardiovasculares.
- Consorcio de Ontología Genética
- KEGG
- NCBI Entrez-Gene
- NCBI PubMed
- Taxonomía NCBI
- Encabezados de materias médicas de la NLM
- OMIM
- Reactome